★第二十六话 红いエヴァングリオン/红色的EVA（分支2A）
 
★第二十六话 海からのマレビト/来自海中的BALEBITE（分支2B）
 
两分支内这一关是无很大区别的，主要是接收明日香与EVA贰号机。提升熟练度的机会便是让明日香在3回合内击倒使徒。之后敌人的援军中有巴尼存在，所以要让克莉斯上前与他交手，然后说得。
 
战斗结束后，EVA正式加入队伍。布拉度他们见到真嗣三人后，其平静的态度让美里吃惊，她原以为大家应该对两位驾驶员的年龄感到惊讶的，谁料布拉度却告诉她们在隆德贝尔舰队里还有比真嗣他们更小的成员呢！电磁侠里的日吉等人还是小学生哩！而且连妖精也有！这更让美里惊讶不已。
 
　
 
★第二十七话 マジン展开/MAZIN展开（共通）
 
战前的选择中，如果选往“南アタリア岛”的话，可提升熟练度，反之会下降2点的！
 
众人在前往南亚塔利亚岛的途中，正撞见安藤正树与拜士渊洞的比肖特交战。大家都在奇怪，为何隔了这么久，正树还没到日本找白河愁，结果发现原来他是个超级路痴！然后龙马他们告诉正树，白河愁现在在南亚塔利亚岛。这令正树将隆德贝尔舰队亦视为敌人，幸好隆圣那个白痴机器人狂一见到CYBASTER，就嚷着“好帅！”“我一定会拼死保护CYBASTER的！”这让正树终于解除了戒心，同意暂时加入隆德贝尔舰队。战斗中让尼攻击母舰盖亚格林克的话，是会发生对话剧情的。另外，击倒盖亚格林克能够提升熟练度，但需注意当它的HP低于50%是会撤退的。
 
　
 
★第二十八话 EOTの岛（共通） 几经辛苦后，隆德贝尔舰队终于抵达了南亚塔利亚岛，正赶上一年战争时落下地球的神秘宇宙飞船“MACROSS”的升空仪式。当布拉度正与MACROSS的舰长古洛巴尔在谈话时，第7使徒来袭。
 
此战最初只能派3台EVA上场，因为气力值充足，所以很容易便击倒使徒。但是使徒立刻一分为二并击倒了初号机与贰号机，这就需要派遣诸多超级系的机器人上场对付两个使徒了。提升熟练度有两种：一是让凌波来打倒第7使徒，可加1点；一是让布拉度打倒第7使徒，可加2点。当然后者难度较高，需要动用大量的精神指令来提升布拉度的气力值、降低使徒的气力值，特别是使徒的气力值处于100以下时是无法使用A.T.FIELD的。
 
虽然击倒了使徒，但它们又开始再生，所以众人开始寻找其它有效的方法来彻底消灭这对孪生使徒。
 
　
 
★第二十九话 心に念じる见えない刃/心中默念看不见的刀刃（超级系）
 
★第二十九话 黑い超斗士/黑色超斗士（真实系）
 
因为R-1、R-2以及格伦拜斯特贰式增添了新装备和武器“计都瞬狱杀”，所以3人到附近的小岛进行训练。但是却在那里遇到了前ETO驾驶员伊路姆（第四次等前作的8位主角之一）以及主角的恋人！伊路姆和主角恋人夺取了柯修拜斯特EX及柯修拜斯特MK2，背叛了ETO并意图摧毁SRX计划。奇怪的是主角的恋人似乎已不认识主角了，无论主角怎么劝说都没有用。本话中的关键就在于主角是否能说得其恋人，方法是连续向对方攻击两次，然后选择说得，如此恋人便会因头痛而离去。另外，如果为了提高熟练度的话，本话中其实没有什么经验值可拿，因为无论杀死伊路姆抑或恋人，都会被倒扣熟练度！
 
　
 
★第三十话 瞬间、心がさねて/瞬间，心的重生（分支3A）
 
进入本话的条件是在先前的选择中选“EVA2体による作战を选ぶ”，这样便由真嗣和明日香两人合力在同一回合内击倒两个使徒。所以要改造一下两台EVA的武器，然后与使徒干耗直至气力值上升后，再配合精神指令将其击倒。 一波未平一波又起，消灭了使徒后，新基奥军的统帅基雷打算用卫星炮攻击南亚塔利亚岛，借此威胁DC投降。此时有两种作战方法可选择：一是“弹丸を击ち落とす”，进入“ブ－ビ－·トラッブ”；一是“弹丸をEVAで受け止める”，进入“奇迹の价值は”。
 
　
 
★第三十话 精灵冯依（分支3B）
 
先前选择了“力押しで使徒を倒す作战を选ぶ”就进入本话。同样是打使徒，这话比较轻松多了，而且经验值也较多。战斗一开始，正树因为心中有疑虑，所以无法开动CYBASTER，当其他人在一回合内击倒使徒后，维蕾达带着帝国军出现在地图左上方，CYBASTER处于危险中。此时正树方明白精灵的力量，重新驾驶着CYBASTER参战。