★第四十一话 バイバイ·マルス/再见，火星（共通）
 
主角他们不得已留下明美和凯风，回到MACROSS。之后为了补给，众人来到了已经荒芜的火星基地。因为末沙的恋人就是在此基地阵亡的，所以她提出想到基地里去察探（选择“末沙を基地へ行かせる”，可提升熟练度）。但是在此却中了敌人的圈套，MACROSS被重力装置拖住，无法动弹。这一关的任务就是保护基地，直至八回合后解除装置。敌人的数量很多，而且是陆续出现，所以不能让所有机体全部出击。最初可派移动力高的机体去对付左上角的敌人，留三分之二的成员配置在基地附近。接着敌增援会依次在左下方、右方和右下方、上方出现，其中以左下方的第二次增援人数最多，须多加留意。当末沙被关在基地里时，破岚万丈赶到并救出她，众人平安离开火星。
 
在MACROSS内，典子看到泰坦3后兴奋不已，与臭味相投的隆圣一拍即合。因为已接近了地球圈，所以又要把队伍一分为三，一队由布拉度率领那些老资格的高达及SRX前往阿克西斯与新基奥会谈（“リ－ンホ－スJr.队”，进入分支4A）；一队以V GUNDAM为主去月球联络反地球联邦组织（“グラン·ガラン队”，进入分支4B）；一队则是以超级系及EVA为主前往地球（“ゴラオン队”，进入分支4C）。
 
　
 
★第四十二话 アクシズからの使者/阿克西斯的使者（分支4A）
 
布拉度等人在前往阿克西斯的路上与西洛克遭遇，二话不说便开打起来。本话中阿姆罗终于换乘了γGUNDAM，而之前与珍对话时选择“チェ－ンとの约束を觉えている”，可提高熟练度。这一关唯一要注意的也就是实力超强的西洛克，还有就是让卡兹的SUPER GUNDAM与莎拉接触的话，是会发生对话情节的。过几个回合后，哈曼就会带队出现并提出和谈，同意的话就强制战斗结束并获得熟练度的提升，反对的话可以继续打下去捞经验值与金钱。
 
　
 
★第四十二话 ジュピタ－·ゴ－スト/木星亡灵（分支4B）
 
茜拉队抵达月球后，取得了胡素的V2 ASSAULT GUNDAM以及考的GP-03。接着终于出击找寻可疑军队，与库洛诺克尔小队遭遇。这一关的敌人不是很多，不过有几艘HP颇高的母舰，需花费一些时间。
 
　
 
★第四十二话 父よ地球は近い/父亲啊，地球就在附近（分支4C）
 
这一话主要以两个电磁侠的故事为主，为了营救刚健一他们的父亲刚健太郎。敌人中有两台机体最初是无法伤其毫毛的，那就是“サイモン”“ダイモン”，必须先打倒骷髅城它们才会撤退。战斗结束后，两台电磁侠再度改造，以后再遇上那两种敌人就无须畏惧了。
 
　
 
★第四十三话 プルとアクシズと/波蕾与阿克西斯与（分支4A）
 
柯瓦特洛带队进入阿克西斯与哈曼谈判，然后发生的情节与原作相同，柯瓦特洛无法忍受哈曼的做法而争吵起来，结果众人被关入牢中。捷度则伺机逃了出来，并在大街上遇到了强化人波蕾。波蕾对捷度一见衷情（？），帮助他逃出阿克西斯。在外面等候的布拉度看出形势不对，便派遣机体前往阿克西斯营救柯瓦特洛等人，所以这一关的目的就是要将全部机体移动到小行星阿克西斯上。我方部队是分两队作战的，一支负责佯攻，一支则是潜入部队。第三回合时捷度和波蕾出现，并在古利明的命令下，波蕾变为敌人。让捷度去说得波蕾，她便可仲间。当我军接近阿克西斯时，敌方的援军会出现于阿克西斯之上。 　
 
★第四十三话 宇宙にさく妖花/在宇宙开放的妖花（分支4B）
 
众人接到了罗纳家的总帅卡罗素要将殖民卫星坠落地球的消息，便急忙赶去阻止（选择“シ－ブック达を先行させる”，可获提升熟练度）。在敌人当中有着西布克的恋人塞茜莉，只要让他上前说得即可。最后卡罗素会将那台拉弗雷西亚开出来，需格外留意。五飞的神龙高达亦会前来增援。 　
 
★第四十三话 静止した暗の中で/在静止的黑暗中（分支4C）
 
回到地球的Nerv总部，又遭使徒袭击，但是因停电无法令EVA出击，于是隆德贝尔舰队先行出动收拾第九使徒。该使徒有腐蚀功能，所以要在四回合内收拾它。至于第三回合出现的拜士渊洞的敌人，可以先不必去理会。第四、五回合，GREAT MAZICA和EVA前来增援，形势稍有好转。否则凭那些笨重的超级系机器人，要用“必中”才能打到灵活的圣战士。此处依然无法说得托多，不过让翔与邦、托多交锋是会发生对话情节的。 　
 
★第四十四话 リィナの血/莉娜的血（分支4A）
 
回到拉卡姆上的捷度获知妹妹莉娜跟着他进入阿克西斯后，便心急火燎地加入了营救队伍，波蕾亦跟随而去。众人潜入阿克西斯后，先要往市区地带移动并消灭基地里的敌人。需要注意的是基地内的敌军中有巴尼，可以让克莉丝去说得他，虽然他不会加入但以后是会成为同伴的。当我军踏入市区后，柯瓦特洛便在娜娜的帮助下，驾驶着沙沙比逃了出来，雷丁亦会前来增援。紧接着敌人挟持了莉娜，结果波蕾冲动之下将敌机击坠，导致莉娜生死不明。然后只要让我方机体全部往右方基地出口移动，即可过版。至于敌人中实力强劲的哈曼，虽然可以让柯瓦特洛上前说得，但她不为所动，而且HP跌落50%便会撤退，当然如果击败她的话是可获得不少金钱以及贵重道具“哈罗”。
 
　
 
★第四十四话 ゼロと呼ばれたガンダム/被称为零的高达（分支4B）
 
且说希罗和特洛瓦意欲刺杀OZ的总帅拖列斯，但是对方以殖民卫星来要挟两人去与隆德贝尔战斗。这一关的敌人主要是大量的OZ部队以及希罗和特洛瓦，此时他俩是无法说得的，所以尽管放心地攻击。敌人数目虽多但实力很弱，不足为惧。到了第三回合，卡多鲁驾驶着WING ZERO出现，如同原作的剧情一样，被0系统控制了的他发狂地要毁灭眼前的一切。可以让主角上前说得他，但如果行动不迅速的话，卡多鲁会击倒特洛瓦，那样会倒扣熟练度的。
 
　
 
★第四十四话 赤い发の女/红发女子（分支4C）
 
在极东支部，隆德贝尔舰队和拜士渊洞军再度发生冲突。如果先前有说得卡拉莉娅的话，第二回合时她会作为援军登场。敌人中最需留意的便是红发的洁丽尔，和以往作品一样，击倒她一次后是会巨大化的。此时的洁丽尔非常难对付，特别是其气力值高涨的话，会经常使出“分身”和“剑挡格”，很难命中，最好用精神指令让她的气力值降下来。之后泰坦斯也会前来捣乱，如果为了经验值就不要把基地让出来；若想提升熟练度的话，则选择“ティタ－ンズに基地を明け渡す”，这样泰坦斯便会撤退，阿兰会来增援。
 
　
 
★第四十五话 漆黑の天使来たりて/漆黑的天使降临（分支4A）
 
众人逃出阿克西斯后，拉卡姆全速离开这一宙域，但是新基奥军还是追了上来。首先出现的敌人是忠于基雷的古利明，第二回合时则是位于左下方的哈曼，然后各NEWTYPE以及精神感应者们一直感受到的威压之主英格拉姆登场。英格拉姆的机体阿斯特拉纳冈非常强劲，基本上无人是其对手。所幸英格拉姆提出与哈曼联手，然后哈曼便让他去收拾背叛了的古利明。所以只要我方不主动攻击，英格拉姆是不会过来的。但是若让主角以及SRX的三人去攻击英格拉姆，是会发生对话情节的。加之本话的过关条件是让母舰抵达地图下方，如果实力不如人的话用不着硬拼，尽快逃走即可。
 
　
 
★第四十五话 强袭、阻止临界点（分支4B）
 
先前是拖列斯，这次轮到基雷要玩卫星撞地球了。本话初始只有迪奥与五飞两人，第二回合时味方援军登场，然后便要在八回合内让GP-03进入卫星内或者击倒凯利。提升熟练度的条件有三：一是六回合内让GP-03进入卫星；一是打倒贾图；一是击坠凯利。
 
　
 
★第四十五话 神か、恶魔か/是神还是恶魔（分支4C）
 
这一关可谓轻松之极，纯粹是EVA的剧情再现。真嗣的朋友驾驶的EVA三号机被使徒侵占，真嗣受命去攻击。对话中选“使徒バルティエルと战わない”，可提升熟练度。然后初号机被切换到外部控制，开始攻击三号机，最后真盖塔登场轻而易举地收拾了使徒。另一种方法则是选择攻击使徒，这样战斗结束后可以取得三号机！