★第十六话 咆哮、EVA初号机（共通）
 
虽然击倒了使徒，但它又马上再生中，再加上碇司令那强硬态度，布拉度决定先行撤退，将此事交由Nerv负责。接着的战斗纯粹是走过场的剧情展示，真嗣被迫乘上EVA初号机与使徒战斗，结果被打至暴走，然后轻而易举地收拾了对方。
 
　
 
★第十七话 GR对GR2（共通）
 
泰坦斯的法克斯威胁冈长官，要他立刻解散隆德贝尔舰队，被冈长官顶了回去。此时，BF团又在东京湾附近捣乱，大作急忙与大铁人出击，结果撞上了他的父亲所做的GR的拷贝GR2。一开始是大作的孤军奋战，第三回合时又会有敌增援在左下方出现。如果要提升熟练度的话，就不要先击败GR2，而是先收拾增援的格冈。我方增援则在第四回合登场。
 
　
 
★第十八话 红い稻妻、空飞ぶマジンガ－/红色闪电，飞翔的铁甲万能侠（超级系）
 
随着接连的战斗，甲儿意识到不能飞翔的铁甲万能侠在战斗中太吃亏了，于是和主角暂时离开队伍返回光子力研究所。铁甲万能侠的飞行翼即将制造完成时，阿修罗男爵突袭研究所，于是甲儿出击迎战，主角则因机体调整未能马上出击（如果选择拒绝调整机体的话，能立刻出击，但无法提升熟练度）。结果甲儿被机械兽引离研究所，并遭到飞行怪兽的围攻，危急关头波士以自爆来解围。愤怒的甲儿装载上飞行翼，与主角、以及第5回合来增援的R1、R2一同击退了阿修罗男爵。
 
战斗结束后，当甲儿哀悼波士时，却发现他安然无恙地活着。主角找到隆圣，向他询问有关英格拉姆的事情（选“イングラムのことを闻く”），获悉对方乃是SRX的教官，以前亦是优秀的驾驶员。
 
　
 
★第十八话 ゼ－タの鼓动/Z的鼓动（真实系）
 
这次拦在隆德贝尔舰队前面的乃是泰坦斯，战斗之前，花园丽要求加入战斗，但卡缪就坚持反对（在此选不让她出击的话，可提升熟练度）。进入战斗，最初只有母舰与Z高达、超级高达、杰冈，第5回合时味方增援才能出场。因此，如果卡缪的实力够高的话，不妨让他独自杀敌，反之还是乖乖等援军的到来吧！第3回合时，特洛瓦驾驶着重装高达出现在左上方，随后一回合内，隆圣与R1前来增援。
 
　
 
★第十九话 激突！ゲッタ－ロボVSゲッタ－ロボG/激突！盖塔VS盖塔G（超级系）
 
镜头转移到早乙女研究所，普洛肯男爵偷了盖塔G与龙马他们交手，为了拯救大家，武藏独自一人开着旧盖塔与其同归于尽。牟庆便代替武藏驾驶盖塔G，第二回合时，主角他们就能来增援。但是，当敌人全倒后，普洛肯男爵把BF团从中国大陆蚩尤墓内偷的龙王机、虎王机派出来，主角从中感应到两机体的痛苦思念波，于是上前说得两机体离开。战斗结束后，众人发现武藏并没有死，只是受了重伤。
 
　
 
★第十九话 第二次直上会战（真实系）
 
这次希罗转学居然转到了真嗣他们的学校，并遇上使徒来袭。如果选“ロンド=ベルに救援を要请しない”，虽然不会马上获得增援，但能提升熟练度，而且希罗也会驾驶WING来帮忙。战斗一开始，首要做的事情就是让EVA初号机接上电源。其实这版中的敌人除了使徒外，其它人是很难打穿初号机的A.T.FIELD的，所以大可放心作战。第4回合开始，味方的铁甲万能侠、盖塔、R-GUN会陆续前来增援。
 
　
 
★第二十话 决战、第2新东京市（共通）
 
众人再度汇聚新东京市，并上街购物，还遇到了因受不了压力出走的真嗣。平静的时间没过多久，第5使徒来袭，并以远距离攻击打倒了EVA。美里想出了八之岛作战，英格拉姆帮助众人实行这一计划，不过先要在5回合内确保初号机的安全，但偏偏机械兽又在此时来袭。所以，隆德贝尔舰队要抢在5回合内将使徒以外的敌人消灭，方能提升熟练度。
 
战斗结束后，R-GUN正式加入（不要培养英格拉姆啊！），并出现第一次三分支，隆德贝尔舰队分为三小队，一队由SRX、阿姆罗等人组成去迎接EVA贰号机（“EVA贰号机输送舰队と合流する”分支2A）；一队由兽战机队、EVA为主力留在极东支部（“极东地区に残る”分支2B）；一队由高达为主力前往宇宙（“リガ·シリティア接触し、宇宙へ行く”分支2C）。