イェソド
1.在イェソド终端石柱和STEVEN对话..改造成终端系统.
*怎么看老人家都只是来魔界维护终端系统的，于是魔界的终端传送月票也正式启用。同时入手情报，要到下一城镇ティフェレト，必须通过イェツラー迴廊（由沐浴到月光就会变身无敌美少女战士的魔王へカーテ看守），还需要两把钥匙才能打开出口大门的封印。（结合以上地图看能得到比较直观的概念）
2.前往イェツラ一回廊.于新月时和魔王ヘカ一テ战斗!
*本作中金子一马大师的个人爱好初登场——皮鞭***！此外，魔界的地铁体系真是四通八达，本作的无限回廊不看地图导航很容易转晕……
3.由西侧前往ホド.
 
ホド
1.在ホド街和邪龙ティアマット战斗!得到アインのカギ.
2.回イェツラ一回廊.由东侧前往ネツァク.
 
ネツァク
1.在ネシァク街.于满月时和妖魔マスタ一テリオン战斗!得到ラメドのカギ.
2.回イェツラ一回廊.由北侧前往ティフェレト.
 
ティフェレト
1.在イェツラ一回廊.用两把钥匙打开大门. 在ベリアー迴廊前和ゴモリー说话.
*女王二号登场！不过为了多看她几眼就必须走CHAOS路线，因为这位持野兽驾照的魔王秘书，吟咏公爵ゴモリー***除了狂野性感造型夺人眼球，剧情上真的没什么存在感= =b
2.空间跳跃到魔界之王ルシファー(LUCIFER)的居城－ケテル城.
3.和ルイ·サイファー(路易赛法)对话.魔界之王ルシファー(LUCIFER)出现.
*每代必见的影子主角，丝缎缠身的美艳天使ルシファー(LUCIFER)大人终于现身，通知主角神的制裁使者サタン(SATAN)的半身，大天使セト即将觉醒，一旦サタン复活必将毁灭现世除M教***囧以外的一切。LUCIFER希望借助主角的力量阻止神对魔界的拆违工作，请主角从魔界起点ティフェレト通过幸运52过关斩将，提升经验值徒步回到ケテル王城（顺便建议一句，LUCIFER先生其实西装不适合你，1代就想说了……请继续走视觉系偶像路线吧！）
4.回到ティフェレト.被加百列带往伊甸(エデン)..和ザイン(Zain)对话.问你要不要和他一起建立千年王国?
YES→LAW结局
NO→CHAOS或NEUTRAL结局
*这里开始结局的正式分支，决定后属性不再因微调而改变。Zain新官上任，接手圣教管理权之后，比起前元老院的天使们敛钱手段变本加厉，靠着加百列争取的财政支持，在CENTER22层的基础上又盖了一层可移动办公楼，宇宙战舰伊甸(エデン)，作为优秀M教徒FANS会所俱乐部囧他邀请主角共同重建一个真正理想的千年王国（整了半天，到头还是回来吃旧锅里粥……那句老话说得好，权力导致***，绝对的权力绝对***= =b），为此要打倒阴谋破坏Millennium的阶级敌人ルシファー(LUCIFER)。同意的话则正式成为Zain的手下，封号M教副***囧，并得到去セト神殿请回制裁者大天使セト的任务。拒绝的话会被当成亚当夏娃第二，从伊甸所在的23楼被打落到0层的入口（***啊！要是没有主角的金手指真不知道会摔成什么鬼样哪）
5.在ベリアー迴廊前和魔王アスタロト战斗!胜后和ルイ·サイファー(路易赛法)对话.问你要不要建立浑沌世界?
YES→CHAOS結局
NO→NEUTRAL結局
*准备挑战魔界幸运52的主角一行在ベリアー迴廊入口见到染了红发的ルイ·サイファー(路易赛法)，不用怀疑，这个确实是1代的CHAOS魔王老三，天蛇王アスタロト亚斯他录假扮的，动手殴之，以实际行动教育他侵犯知识产权的严重后果。战胜后正版出现，责骂了只想试探主角身手的小亚，告诫某人综艺竞赛要本着公平公正公开的原则进行，黑箱操作耍小把戏是要扣光本月奖金的。客套完了转入正题，路易同学客气地问主角是否愿意跳槽来魔界，并保证能给与魔王助理的职务（还是副职= =b）。选择同意则在路易主持人的祝福与见证下正式开始幸运52闯关；拒绝则在路易主持人的诅咒与讽刺下开始幸运52闯关（有区别么= =b）……
6.去セト神殿见证大天使セト觉醒.
*LAW路线会再遇到性感美女秘书MISSゴモリー，和主角眉来眼去纠缠不清的当口，被封印的大天使セト被喧闹声吵醒，起身撞破天花板飞走。CHAOS路线解说员由ルシファー(LUCIFER)友情客串，NEUTRAL路线只有主角孤家寡人的看着セト消失在夕阳的光辉中……
7.进入ベリアー迴廊.被吸入魔王アバドン体内.
*这位再不出来估计玩家都要忘记它是谁了= =b没错，它就是害我们失去了重要线人目加田和可爱的真1女主角，吞下原ヴァルハラ(Valhalla)市的大***制造者堕天使アバドン。本来以为造型会和一代的大嘴阿巴东类似的，结果变成了神经元蜘蛛……这种木偶历险记剧情传统好像也是承自旧约？
8.在魔王アバドン体内原ヴァルハラ(Valhalla)的スラム街和目加田对话."MAG Pressor(MAGプレッサー)"入手.在门外和マダム(MADAM)对话.
*所有前尘往事，在此一并道出。想简洁地说明剧情实在困难，引用UlyssesLin前辈原创的部分剧情翻译可能更好理解：
◆目加田:「アレフ，我就直接切入主題了，你是CENTER為了塑造救世主而創造出來的人類。當年大破壞後，世界變得荒廢殘破。Mesia為了拯救世人，便自己創了自己的千年王國－"Tokyo Millennium"接著只要等救世主降臨便可達到目標，但救世主卻始終沒有降臨……
     所以元老院便決定自己創造符合自己期望的救世主。
     アレフ(Aleph，"1")，這便是你。
     而且接著利用你為基礎，使用生物科技，接著創造出了四個人。
     べス(Beth，"2")，被設定為你的搭檔。
     ギメル(Gimel，"3")，為測試假想的千年世界用的，虛擬實境中的救世主。
     ダレス(Dareth，"4")，為了提高救世主魅力，而專門創來被打倒的Anti Mesia。
     ザイン(Zain，"7")，為了看管(保護)你而創。」
「五人之中，你是最特殊的。你是由從人體取出的受精卵，送去生化研究所強化(基因改良)後，再移植到優秀的年輕女性體內而誕生出來的。誕生後，你隨即被從那位女性身邊帶走，然後在一天內，被特殊培養而迅速完成十多年的成長過程。」
    聽到這裡，已經察覺到後面的話的ヒロコ訝異地開口想問出否定的答案。
    不過目加田卻繼續說出ヒロコ不想面對的事實。
    「……沒錯，ヒロコ妳當年生下的孩子就是アレフ。」
    ヒロコ對此沈默不語，而目加田繼續說下去。
「我當初毫不懷疑地遵照著CENTER的命令執行著許多計畫。……但我就是無法接受這個『救世主計畫(Mesia Project)』。不管是要禁忌地自己去做出救世主…還是要讓我的女兒被這個計畫這樣利用… 我完全無法接受。所以我和花田合作，消除你(已成人的アレフ)的記憶，然後引發爆炸，切斷通訊系統後帶著你逃出了CENTER。ヒロコ，我原本也想帶妳走，但卻因為沒有時間消除妳當上聖堂騎士後被強加的記憶，只好作罷。不過我沒有料想到，妳會主動溜出CENTER尋找アレフ。」
最後，目加田把"MAG Pressor(MAGプレッサー)"交給アレフ。他表示有這個東西，便可以把存在於特殊空間的アバドン給實體化。這樣便可以打倒他，進而逃離這個腐蝕性的空間。否則，便會像他這樣，即將結束這一生……言畢，目加田便嚥下了最後一口氣。不管無法接受事實的ヒロコ再怎麼大罵或者哀求他回應……
**过去圣教的野望，主角的同伴与对手一直以来的宿命遭遇，至此全部浮出水面。女主角广子与主角的关系由恋人转向母子，这个禁忌的设定是在影射***教圣母以处女之身诞下***的典故，爆出如此猛料，游戏也确实接近终盘了……广子在父亲目加田的尸体前哭喊着“卑鄙”的场景也是很感人的，但一般玩家打到这里，都还没从这恐怖真相造成的石化状态中恢复过来= =b这个包袱抖得实在漂亮，诸多细节都连成主线，广子一开始冒着坐牢风险追逐花田，是为了寻找被带走的男孩アレフ（不知道主角已在一天内被培养成人）；圣教一直警惕着目加田则是防止他向主角和广子说出真相；べス(Beth)的献身，ギメル(Gimel)的异次元度假村，反复追逐主角却反复失败的ダレス(Dareth)，乃至一直与主角走得很近却在后来制造矛盾冲突的ザイン(Zain)，所有的一切，都是由圣教天使们导演和设定好的。不过随着主角的本身人格成熟，事情的发展渐渐偏离了剧本方向，这倒是应了那句老话，人算不如天算，谋事在人成事在天啊……
***在门外碰到マダム(MADAM)……真1女主角的末路，真让人痛心T_T算了去打打BOSS消消郁闷吧
9.在中枢和魔王アバドン战斗!进入ベリアー迴廊.
*アバドン在死前表示，米迦勒答应他会帮助他重新回到天使的行列，所以他才答应帮忙吞掉Valhalla，不过现在一切都结束了……