旧六本木(ロツポンギ)
1.在一楼和蛭子(ヒルコ)见面.并答应他的请求.
*整个地下世界就是以前被废弃的东京，Millennium是压在其上建成的。六本木地底的居民ミュータント(mutant)是受害于环境污染而变得丑陋的变种人类，被圣教抛弃和驱逐出Millennium，定居于此终日饮恨，诅咒着冷血的MESIA教会。通过电梯下楼，在地图上mutant一族长老的房间做个标记（以后要回来找他拿剧情道具金星之柱）找到另一端的电梯回到一楼，靠广子的美色买通守卫，见到国津神族蛭子(ヒルコ，真实身份是伊邪那美(イザナミ)之子)。此造型卡通的神明爆出机战系列通用的穿越猛料囧：大和神族的国津神因不服天津神的统治，趁着19XX年恶魔肆虐东京的混乱时期（1代剧情）发动叛乱，打开国门引希伯来神族入关，借此封印了居于上位的天津神。当国津神兴高采烈的想在西方列强帮助下重掌政权时，侵入者反踩一脚反咬一口，杀掉了东京保护神平將門公并分尸成六块，随后一不做二不休，将失去守护力量开门迎客的国津神们也统统封印起来(好人难做，坏人也被反斩囧难怪女神系列中，日系神明的级别远不如西方的上位天使恶魔，更别提赶超那些印度阿三，典故传统应该就是出自这里= =b)内战内行外战外行，竹篮打水一场空的国津神后悔不已，跪求主角帮忙复活平將門公，解开本土神族们的封印，保证下次一定紧张团结严肃活泼地反对内战，专心抗外（……别来下次啦= =b捅出这种乱子，收拾起来已经够麻烦了）
2.在虚拟实境中得到道具魔法鉴定器.
*如果这时候传送到Holy Town，趁着公费检修设备的机会去BAR喝一杯。主角深知人生苦短及时行乐的道理，却意外地见到了从1代过来视察的同道路易赛法(ルイ·サイファー)同学！（至于他的身份……世人皆知的秘密啊= =b）他遗憾的表示自己是慕名来千年王国旅游的，却因为买不到门票无法进入CENTER= =b算了反正与我无关……
3.回事代主(コトシロヌシ)的祠堂.向コトシロヌシ拿公の胴.
*FACTORY收容所附近，要用解石化剂的小庙。
4.在赤阪西北的大己贵(オオナムチ)祠堂和堕天使バフォメット战斗!解开大國主封印，得到公の右腕.
*真实地点是东京的旧涉谷，回答BOSS“快滚”的挑衅问题时先拒绝再开战。
5.在赤阪东方的祠堂带大山津见(オオヤマツミ)出去.得到公の右足.
6.在六本木西方的祠堂和猿田彦(サルタヒコ)战斗!得到公の左腕.
7.在六本木东方的祠堂带少名毗古那(少彥名神スクナヒコナ)出去.得到公の左足.
*这是个充满喜感、死要面子的神明，在封印的大屋里转一圈出门时才会充满威严地现身质问“来者何人”（比地灵还小的袖珍身材，一点说服力也没有囧）发现主角是来救人的之后，立刻态度180度大转变，抱住主角的脚趾囧痛哭流涕的求主角快点救他出去，之前的拽样完全飞到九霄云外= =b还要留一个仲魔的空间给他，说实话打到这里时，操纵者我真想把他扣在主角手下做工调教，早日纠正他那扭曲的个性囧当然剧情不允许这么做啦，残念。
8.传送到ホ一リ一タウン(Holy Town).在大教会三楼得到公の首.
*花20000块魔币买比较方便快捷。
9.去邪教馆合体.得到将门の体.
10.回去旧六本木(ロツポンギ)找ヒルコ.将门公复活.
11.到封印的岩户.得到太阳のビラ一和将门の刀.
*在3D地图最右端的封印岩户，将门公打开封印之后给主角几顶高帽子的称赞就走了，太阳之柱入手；此外本代将门の刀初入手后不能装备，要到终盘花好一阵功夫才能使用。果然是虎落平阳，将门公1代随随便便就甩给主角全套装备的款爷架势已经全没了= =b……
12.在封印的岩户解除天津神们的封印.
*这个岩户迷宫走得不好，可能终生也找不到进入真正迷宫的正路，几乎和1代迪斯尼乐园的传送繁度有的一拼。反正多花点功夫总能走到，耐心地逐个解救出被西洋神贩子***的思兼(オモイカネ)、天手力男(タヂカラオ)、建御雷(タケミカヅチ)、建御名方(タケミナカタ)、月讀(ツクヨミ)、天照(アマテラス)。本代的天照女神真是貌美如花……啊不对，总之天津女神热情地感谢了主角解封之恩，同国津神们签订了友好条约后握手言和，一起回金刚神界疗养去了。（嗯？费了这么大事，走了这么多路，打了那么多BOSS，竟然什么物质奖励也没有？！喂你们给我回来！！一群日本骗子！！！）
13.在ホ一リ一タウン途中遇到ザイン(Zain).
*日行一善白做好人（……主角把地底转了个遍，还义务替妖精介绍对象，免费帮神族捡垃圾、调解纠纷、解救被拐神，这么多居委会主任才做的慈善工作，估计一日内完成有难度= =b）仍然无所收获，吞下目加田所在VALHALLA市的魔王アバドン更是连影子也没有，主角只好回ホ一リ一タウン(Holy Town)碰碰运气。在教会附近的街上重逢了站在肥皂箱上、正作海德公园演说家状的ザイン(Zain)，看来分手以后混得不错，笼络了不少人气。改走叛逆偶像英雄路线的前哥们Zain没有放弃想拉主角入伙的意愿，邀请主角共同去南方ファクトリ一(Factory)跑马圈地，拯救在圣教***下处于水深火热的无产阶级同胞们（囧您正式认定祖师爷为***没问题吧）。想到闲着也是闲着，主角觉得换个地方赚经验值也没差，干得好说不定将来还能混个Zain党***会副***之类的一官半职，于是勇敢的少年起步向着ファクトリ一(Factory)的夕阳奔去……
14.前往ファクトリ一.